新華社南京12月3日電(記者陳席元)RNA甲基化修飾被認(rèn)為是控制基因表達(dá)的“開(kāi)關(guān)”,但長(zhǎng)期以來(lái),該領(lǐng)域研究中有關(guān)基因位點(diǎn)是否有修飾的實(shí)驗(yàn)結(jié)果并不穩(wěn)定。
記者3日從位于江蘇蘇州的西交利物浦大學(xué)獲悉,該校助理教授魏震團(tuán)隊(duì)綜合近1400種研究數(shù)據(jù),開(kāi)發(fā)可交叉驗(yàn)證的RNA甲基化修飾位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù),為今后評(píng)價(jià)相關(guān)實(shí)驗(yàn)結(jié)論是否可靠提供參考。研究成果3日發(fā)表在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《核酸研究》上,并向全球免費(fèi)開(kāi)放。
魏震介紹,RNA甲基化修飾能控制基因的表達(dá),被認(rèn)為與多種疾病密切相關(guān),也是近年來(lái)國(guó)內(nèi)外生物學(xué)研究的熱點(diǎn)。
然而,該領(lǐng)域長(zhǎng)期面臨一大難題,同一個(gè)基因、同一處位點(diǎn),采用不同的檢測(cè)方法,會(huì)得到大相徑庭的檢測(cè)結(jié)果。
“這篇論文認(rèn)為某位點(diǎn)有修飾,那篇論文認(rèn)為沒(méi)有修飾,令后來(lái)的研究者無(wú)所適從,只能重新測(cè)一遍,造成重復(fù)勞動(dòng)和資源浪費(fèi)?!蔽赫鹫f(shuō)。
團(tuán)隊(duì)想到,可以用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法回顧已有研究,檢驗(yàn)各類實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。
魏震告訴記者,過(guò)去兩年里,團(tuán)隊(duì)重點(diǎn)收集了東亞、北美、歐洲三大公共數(shù)據(jù)庫(kù)1393個(gè)生物學(xué)樣本的原始測(cè)序數(shù)據(jù),覆蓋了10種常用的RNA甲基化修飾檢測(cè)技術(shù)。
通過(guò)“正交驗(yàn)證”算法,團(tuán)隊(duì)識(shí)別出13.5萬(wàn)個(gè)高置信度RNA甲基化修飾位點(diǎn),建成標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)一、直接可比的數(shù)據(jù)庫(kù),目前已有24個(gè)國(guó)家的科研人員使用。
“這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)將幫助科研人員區(qū)分實(shí)驗(yàn)中出現(xiàn)的信號(hào),哪些是可靠的生物學(xué)標(biāo)記,哪些只是實(shí)驗(yàn)噪音?!蔽赫鸨硎?,研究中團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)6000多個(gè)基因變異,其中有些變異與抑郁癥等復(fù)雜疾病的RNA甲基化修飾位點(diǎn)呈現(xiàn)高度相關(guān)性,有望為科學(xué)家探究疾病的分子機(jī)制提供新角度。
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